Im Mittelalter gehörte Rysensteen dem Bischof von Ripen und wurde "Castrum Bøfflingae" (Bøvlingborg) genannt. Nach der Reformation im Jahre 1536 fiel das Gut der Krone zu und wurde, wie damals üblich einem Adligen als Lehn gegeben. Als im Jahre 1636 der Lehnsherr Jokum Bech das Gut übernahm, war es so verfallen, dass er vom König die Genehmigung erhielt, alles neu zu errichten. Das Wohngebäude wurde vierflügelig dort gebaut wo es heute noch steht, aus Fachwerk, rot gekalkt mit roten Dachziegeln. Vorher lag Bövlingborg ungefähr dort wo heute die Wirtschaftsgebeude liegen. Durch die neue, höhere Lage war das Herrenhaus besser geschützt vor den Sturmfluten, die in Abständen die flache Gegend verwüsteten.
Während des Torstensonkrieges besetzten die Schweden das Gut und blieben dort für längere Zeit. Als sie abzogen, waren die Gebäude in so schlechten Zustand dass Lehnsherr Mogens Sehested, der 1646 übernahm, ein grössere Renovierung veranlasste, die dem Haupthaus sein jetztiges Aussehen gab.
Mit der absoluten Monarchie änderte sich die Situation Bövlingborgs schlagartig. Der König Frederik 3, der grosse Macht aber kein Geld hatte, gab dem hollandischen Baumeister Henrik Ruse (spricht sich "Rüse" aus) das Gut - das ein Wert von 2.500 tdr. Hartkorn hatte - als Zahlung für seine Leistung der Modernisierung der Befestigung in Kopenhagen. Ruse wurde der erste private Besitzer von Bövlingborg und änderte den Namen zu "Rysensteen". Er wurde später in den Adelsstand erhoben. 1671 wurde er Freiherr von Rysensteen und am 1. Juli 1672 wurde Rysensteen mit allen Gütern (insswischen hatte es einen Wert von 3.500 Tdr. Hartkorn) zu einer Baronie und der neuernannte Baron erhielt den Orden "Grosskreuzritter von Dannebrog". Ruse wurde der Stammvater der Adelsfamilie Juel-Rysensteen, die das Gut bis ca. 1800 hatte.
Auf der Auktion nach dem Tod des letzten Juel auf Rysensteen kauften es ein paar sogenannte "Gutsschlachter" . Das Gut wurde aufgeteilt, in viele kleinere Einheiten und damit war die Grossmacht- Zeit von Rysensteen vorbei.
1917 kaufte die Familie Rahbek das nun sehr geschrumpfte Rysensteen (nur noch 140 Hektar). 1931 übernahm Anders Vendelboe Rahbek das Gut von seinen Vater. Er restaurierte mit Architekt Kr. P. Dalsgaard aus Lemvig das Hauptgebäude. Es erhielt ein neues Ziegeldach, neue Schornsteine, neue Fenster und neue Zimmer mit Gauben im Dachgeschoss. Diese notwendige Restaurierung kostete damals D.kr. 35.000,-!!1965 verkaufte A.V.Rahbek an seinen Sohn Erik Rahbek, der Ende der 70.iger Jahre von hauptsächlich Milchproduktion und etwas Schweinemast auf intensive Schweineproduktion umsattelte.
Am 1. December 1993 kaufte die Familie Schliemann Rysensteen. Zunächst wurde der Betrieb grundlegend renoviert zu einer modernen Schweineproduktionsanlage mit eine Produktion von ca. 20.000 Mastschweinen jährlich. Nach weiteren Landkäufen hat das Gut heute eine Grosse von 320 Ha. plus 60 Ha. Pacht.
Im Frühjahr 1994 fing man mit der Restaurierung, des unter Denkmalschutz stehende Hauptgebäude, an. Die Familie zog im August desselben Jahres ein, und sie restaurieren weiter. Das Denkmalschutzamt genehmigte 1999 die Wiedererrichtung des Südflügels. Erst wurde von einigen Archäeologen Ausgrabungen vorgenommen und dann konnte im Februar 2000 mit dem Bau angefangen werden. Ende December 2000 wurde der Südflugel der aus vier selbstandingen Wohnungen besteht, fertig. Diese Wohnungen bilden somit die Grundlage fur das neuangefangene "Bed & Breakfast" Geschäft.